نوشیدن قهوه با معده خالی بسیاری از عملکرد‌های معده و روده را تحت تاثیر قرار می دهد، از جمله ترشح اسید هیدروکلریک که می‌تواند باعث التهاب ناگهانی معده شود.
قهوه همچنین غده پانکراس را تحریک می‌کند تا شروع به تولید آنزیم‌هایی برای هضم مواد غذایی که در معده نیست کند، این اتفاق ممکن است منجر به اختلال در کار آن و بیماری‌های سیستم گوارشی شود.
اکثر پزشکان نوشیدن یک لیوان آب را بعد از بیدار شدن از خواب در صبح توصیه می‌کنند؛ اما باید توجه داشت که این آب نباید سرد باشد.
